Son eau rougeâtre, colorée par les algues endémiques qui poussent dans une eau très alcaline, ainsi que son environnement chaud et aride, lui confèrent une atmosphère quasi lunaire.
Mais grâce à ses algues, le Lac Natron est la principale zone de reproduction des flamants nains d’Afrique de l’Est. Des dizaines de milliers de flamants nains, ainsi que de flamants roses, viennent se reproduire au Lac Natron.
Au sud du lac s’élève l’Oldoinyo Lengai, un volcan actif de 2886 m de haut que les Massaï vénèrent comme la montagne des Dieux.